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不知道你所说的免费网站到底怎么个免费法，不少网站宣称免费，实则收费。所以免费网站这个概念很模糊了。我列出几种常见的网站收费模式吧。
1、广告。是互联网上目前价值最大也相对成熟的盈利模式。利用站点的访问量，通过展示图片、文字广告，收取广告主一定的费用，以此盈利。这个广告可以是自己去谈来的广告主，也可以是加入网站联盟（百度、谷歌）你提供位置，又谷歌、百度之类的公司集中推送广告，然后你跟谷歌分成。
2、增值服务费。这类网站不多，如婚恋网站、专业咨询网站等。大部分此类网站都会对公众实行免费政策，但是免费用户只能使用该网站的基础服务，如果想要享受更好的服务，就需要像网站支付一定的费用。
3、B2C电子商务网站。这类电子商城是从线下采购物品，通过网络展示、销售出去，从中赚取差价。很显然此类模式还不算成熟，09年开始国内涌现出大量的B2C电子商务网站，目前都扔在烧钱吸引用户阶段，都希望先花钱把用户圈起来了，再通过精细化运作等等把利润赚回来。这条路还很艰难。
4、C2C、B2B电子商务网站。这种网站相当于建立了一个菜市场，有人上来卖菜，有人上来买菜，然后市场建立者会向卖菜着收取一定费用（大多数情况是这样的），以此盈利。
大概就是这些比较常见了。

免费网站，收费网站只是形式上的不同，运营形式都是一样的，想赚钱，看你怎么玩，小站长一般做广告联盟或者付费会员收费，有流量还好，没流量就完蛋了