1)开票流程不一样。

一般纳税人自行到国税机关领购发票，通过防伪税控系统开具发票。增值税小规模纳税人根据《全国税务机关纳税服务规范》的规定，需携带税务登记证副本原件、购买方出具的合同或者付款证明、《代开增值税专用发票缴纳税款申报单》、（部分国税机关还需要纳税人提供公章、发票章）到国税大厅进行代开。由于开票流程不一样，也导致发票作废、冲红流程的不一样。

2)税率不一样。一般纳税人根据其经营范围的不同，开具专用发票一般会出现17%、11%、6%等税率。小规模纳税人根据《增值税暂行条例》的规定统一为3%征收率，收票方也按照3%的征收率来进行抵扣。

3)发票票面不一样。

1.一般纳税人自行开具的增值税专用发票（中电四联）一式三联，而代开发票后专门标注有“代开”字样，一式六联， 部分联次留存国税，部分联次由纳税人自己保存使用。

2.开票方不一样。一般纳税人所开专用发票在发票查询系统里显示开票方为企业名称，代开发票则显示为国税机关名称（国税机关为发票领购人）。

3.盖章不一样。专用发票需加盖企业发票专用章，代开发票需加盖代开企业发票专用章和国税机关征收管理章。

4)税款缴纳方式不同。

一般纳税人在每月申报后缴纳税款，代开专用发票的纳税人则需要据《国家税务总局关于印发《税务机关代开增值税专用发票管理办法（试行）》的通知》（国税发[2004]153号）的规定现场预缴税款。

根据《增值税暂行条例实施细则》第28条规定：小规模纳税人工业企业连续12个月销售额超过50万，商业企业80万，提供应税服务的企业500万，必须强制转为一般纳税人。